На протяжении долгой истории Ратушной аптеки должность аптекаря в ней занимало множество достойных личностей. Особенное место среди них занимает династия Бурхартов. С 1582 по 1911 год аптека была собственностью десяти поколений семьи Бурхартов. По семейной традиции, старший сын всегда носил имя Иоганн и учился на аптекаря.
С 1911 по 1940 год Ратушная аптека принадлежала семьям Леберт и Шнайдер. В 1908 году C. Р. Леберт начал производство в лаборатории препарата от малокровия под названием „Ферратол“, который можно считать первенцем эстонского фармацевтического производства.
Представление о том, что продавалось в Ратушной аптеке в средние века, можно получить из прейскуранта аптекарских товаров «TAХА» (Такса) за 1695 год, в котором перечислялось 54 вида воды, 25 видов жира, 128 масел, 20 настоек, 49 мазей, 71 лечебный чай и т.д. Кроме того, в списке были такие необычные лекарства, как порошки из сожженных пчел, копыт жеребца и сожженных ежей, масло из дождевых червей, выцветшие до белизны фекалии собак и многое другое. В перечень входил также марципан, который использовался для облегчения любовных страданий и восстановления памяти.
Ратушная аптека является старейшим медицинским учреждением Таллинна. На протяжении ее длинной истории были периоды, когда аптекарь был одновременно и ученым медиком, и городским врачом. В Ратушную аптеку обращались не только за лекарствами, но и за душевной помощью.
Ратушная аптека является также старейшим торговым заведением Таллинна, работавшим и продолжающим работать в одном и том же здании. Здесь продавали бумагу, чернила, табак, курительные трубки, игральные карты, факелы, ткани, порох, соль, пряности и пр.
Ратушную аптеку можно сравнить с современным кафе, куда можно зайти, чтобы выпить чаю или бокал кларета, послушать или разнести новости. По слухам, Ратушная аптека служила также местом встреч городских старейшин и других важных лиц, которые за бокалом кларета держали совет и заключали договоры. Считается, что именно здесь решались важные вопросы городского управления.